Le LRSV héberge le plateau MetaToul-AgromiX. Ce plateau est dédié à l’analyse des métabolites végétaux ainsi qu’aux métabolites fongiques et bactériens pouvant être impliqués dans les interactions biotiques.

Le plateau MetaToul-AgromiX fait partie de la plateforme de Metabolomique et Fluxomique de Toulouse MetaToul, plateforme technologique de la GenoToul. Elle regroupe des compétences scientifiques et techniques (chercheurs, ingénieurs, techniciens) et des moyens (équipements de pointe : Résonance Magnétique Nucléaire, Spectrométrie de Masse, Robots de préparations d’échantillons) dans le domaine de l’analyse globale du métabolisme. MetaToul met à disposition de la communauté scientifique les concepts, outils et méthodes liés à l’analyse du métabolisme dans des cellules, tissus, et organismes.

La plateforme MetaToul, labellisée IBISA, est engagée dans une démarche qualité et environnementale qui constitue un outil essentiel pour l’amélioration continue de son fonctionnement, la prise en compte de l’environnement et pour la qualité des services de la plateforme en ayant une vision de l’impact de la plateforme sur l’environnement. Elle est certifiée ISO 9001 et NFX-50-900.

MetaToul est partenaire du projet d’Infrastructure Nationale en Métabolomique et Fluxomique MetaboHUB dirigé par Fabien Jourdan, avec les plateformes de Bordeaux, Clermont-Ferrand, Grand-Ouest et Ile-de-France.

Services et Analyses proposés par le plateau MetaToul-AgromiX
La plateforme MetaToul-Agromix peut être sollicitée par la communauté scientifique publique et privée pour des analyses qualitatives et quantitatives de métabolites végétaux et microbiens pour :

  • Réaliser des prestations de service pour répondre à des besoins ponctuels.
  • Développer de nouvelles méthodes. Une collaboration ou un partenariat peut être élaboré dans le cadre du montage et de la mise en œuvre de projets de recherche.
  • Mettre à disposition des instruments analytiques.

Analyse par métabolomique globale (métabolomique non ciblée)

 

Analyse par U-HPLC-HR MS et MS/MS (Q Exactive Plus) avec annotation des pics en modes positif et négatif, à l’aide de base de données de niveau 1, 2 et 3. Les analyses sont réalisées selon l’une ou l’ensemble des méthodes chromatographiques suivantes :

      • C18 – composés semi-polaires
      • Hilic – composés polaires
      • Lipidomique – composés apolaires

HORMONOMICS (métabolomique ciblée)

Analyse par U-HPLC-MRM (Q-Trap 5500, AB Sciex) de phytohormones.

Liste non exhaustive.

 

 

 

ACIDE ABSCISSIQUE

Acide Abscissique (ABA)
Ester de glucose de l’ABA (ABA-GE)

…

AUXINES

Indole-3-acetic acid (AIA)

Indole-3-butyric acid (IBA)

Indole-3-propionic acid (IPROPA)

Indole-3-acetyl-L-alanine (AIA-Ala)

Indole-3-acetyl-L-aspartic acid (AIA-Asp)

Indole-3-acetyl-glycine (AIA-Gly)

Indole-3-acetyl-L-glutamic acid (AIA-Glu)

Indole-3-acetamide (IAM)

Indole 3-acétonitrile (IAN)

Indole-3-pyruvic acid  (IPyA)

2-oxoindole-3-acetic acid (oxAIA)

α-naphthaleneacetic acid (NAA, auxine de synthèse)

…

JASMONATES

Acide jasmonique (JA)
Acide Jasmonique-Phenylalanine (JA-Phe),
Acide Jasmonique-Isoleucine (JA-Iso)
Methyl jasmonate (MeJA)
…

CYTOKININES

Dihydrozeatine (DHZ)
Dihydrozeatine riboside (DHZR)
Dihydrozeatin-7-glucoside (DHZ7G)
Dihydrozeatin-9-glucoside (DHZ9G)
N6-isopentenyladenine (iP)
N6-isopentenyladenine-7-glucoside (iP7G)
N6-isopentenyladenine-9-glucoside (iP9G)
N6-Isopentenyladenosine (iPR)
Zeatine (Z)
Zeatin-7-glucoside (Z7G)
Zeatin-9-glucoside  (Z9G)
Zéatine-O-glucoside (ZOG)
Zéatine riboside (ZR)
Zéatine riboside-O-glucoside (ZROG)
2-methylthio-isopentenyladenosine (2MeS-iPR)
Topoline, meta (m-Topo)
N6-benzyladenine (BA)
Kinetine (K)
…

GIBBERELLINES

GA1 – GA3 – GA4 – GA5 – GA7 – GA24 …

SALICYLATES

Acide salicylique libre (SA) …

STRIGOLACTONES

Demande spécifique, contacter Agromix

Strigol, Sorgolactone, Orobanchol 5-desoxy strigol, GR24

…

BRASSINOSTEROIDES

Demande spécifique, contacter Agromix Brassinolide (BR) …

Activités de Recherche et de Développement

Une collaboration ou un partenariat peuvent être élaborés dans le cadre de projets de recherche.

 

  • Métabolomique Globale : 

Déréplication d’un extrait complexe

Analyses multivariées (classification, régressions, analyses discriminantes)

Approches multi-omiques

 

  • Métabolomique Ciblée : 

Métabolites végétaux : phytoalexines, d’alcaloïdes, composés phénoliques, flavonoïdes, phytohormones …

Métabolites microbiens : lipochitooligosaccharides (LCOs), chitooligosaccharides (COS) …

 

  • Imagerie par spectrométrie de masse :
    avec utilisation des équipements d’imagerie par spectrométrie de masse de Metatoul-Axiom (MALDI) et Metatoul-FluxoMet (DESI)

 

 

 

 

Publications

 

 

  • FragHub: A mass spectral libraries data integration workflow.

Axel Dablanc, Solweig Hennechart, Amélie Pérez, Guillaume Cabanac, Yann Guitton, Emilien Jamin, Bernard Lyan, Nils Paulhe, Franck Giacomoni, Guillaume Marti. Anal. Chem . 2024.  https://doi.org/10.1021/acs.analchem.4c02219

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  • Deciphering Transcriptomic and Metabolomic Wood Responses to Grapevine Trunk Disease-Associated Fungi.

Ana Romeo-Oliván, Justine Chervin, Coralie Breton, Virginie Puech-Pagès, Sylvie Fournier, Guillaume Marti, Olivier Rodrigues, Jean Daydé, Bernard Dumas, and Alban Jacques. PhytoFrontiers, 2024. https://doi.org/10.1094/PHYTOFR-10-23-0132-R

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  • Root-associated Streptomyces produce galbonolides to modulate plant immunity and promote rhizosphere colonization

Clément Nicolle, Damien Gayrard, Alba Noël, Marion Hortala, Aurélien Amiel, Sabine Grat, Aurélie Le Ru, Guillaume Marti, Jean-Luc Pernodet, Sylvie Lautru, Bernard Dumas, Thomas Rey.   The ISME Journal, wrae112, 2024. https://doi.org/10.1093/ismejo/wrae112

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    • The mycoparasite Pythium oligandrum induces legume pathogen resistance and shapes rhizosphere microbiota without impacting mutualistic interactions.

    Hashemi M, Amiel A, Zouaoui M, Adam K, Clemente HS, Aguilar M, Pendaries R, Couzigou JM, Marti G, Gaulin E, Roy S, Rey T, Dumas B. Frontiers in Plant Science, 14, 1156733. 2023. doi: 10.3389/fpls.2023.1156733.

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    • Metabotyping of Andean pseudocereals and characterization of emerging mycotoxins.

    Pedro G Vásquez-Ocmín, Guillaume Marti, Alice Gadea, Guillaume Cabanac, Juan A Vásquez-Briones, Sandro Casavilca-Zambrano, Nadia Ponts, Patricia Jargeat, Mohamed Haddad, Stéphane Bertani. Food Chemistry, 407, 135134. 2023.  https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2022.135134  

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    • Cyclitol metabolism is a central feature of Burkholderia leaf symbionts.

    Bram Danneels, Monique Blignaut, Guillaume Marti, Simon Sieber, Peter Vandamme, Marion Meyer, Aurélien Carlier. Environmental Microbiology, 25(2), 454-472. 2023. https://doi.org/10.1111/1462-2920.16292

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    • Transition to ripening in tomato requires hormone-controlled genetic reprogramming initiated in gel tissue

    Ximena Chirinos, Shiyu Ying, Maria Aurineide Rodrigues, Elie Maza, Anis Djari, Guojian Hu, Mingchun Liu, Eduardo Purgatto, Sylvie Fournier, Farid Regad, Mondher Bouzayen, Julien Pirrello. Plant Physiology, 191(1). 2023. https://doi.org/10.1093/plphys/kiac464

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    • Deciphering anti-infectious compounds from Peruvian medicinal Cordoncillos extract library through multiplexed assays and chemical profiling.

    Vásquez-Ocmín, P. G., Cojean, S., Roumy, V., Marti, G., Pomel, S., Gadea, A., … & Maciuk, A.  Frontiers in Pharmacology, 14, 1100542. 2023. https://doi.org/10.3389/fphar.2023.1100542

     

    Publications (suite)
    • Comparative Transcriptomics Suggests Early Modifications by Vintec® in Grapevine Trunk of Hormonal Signaling and Secondary Metabolism Biosynthesis in Response to Phaeomoniella chlamydospora and Phaeoacremonium minimum.

    Ana, Romeo-Oliván, Justine Chervin, Coralie Breton, Thierry Lagravère, Jean Daydé, Bernard Dumas, Alban Jacques. Frontiers in microbiology, 13, 898356. 2022  https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.898356

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    • Wild Wheat Rhizosphere-Associated Plant Growth-Promoting Bacteria Exudates: Effect on Root Development in Modern Wheat and Composition.

    Houssein, Zhour, Fabrice Bray , Israa Dandache, Guillaume Marti, Stéphanie Flament, Amélie Perez, Maëlle Lis, Llorenç Cabrera-Bosquet, Thibaut Perez, Cécile Fizames, Ezekiel Baudoin, Ikram Madani, Loubna El Zein, Anne Aliénor Véry, Christian Rolando, Hervé Sentenac, Ali Chokr, Jean-Benoît Peltier. International Journal of Molecular Sciences, 23(23), 15248. 2022. https://doi.org/10.3390/ijms232315248

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    • Metabolomic characterization of 5 native Peruvian chili peppers (Capsicum spp.) as a tool for species discrimination.

    Fabio, Espichán , Rosario Rojas , Fredy Quispe, Guillaume Cabanac, Guillaume Marti. Food Chemistry, 386, 132704. 2022. https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2022.132704

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    • Modification of Early Response of Vitis Vinifera to Pathogens Relating to Esca Disease and Biocontrol Agent Vintec® Revealed By Untargeted Metabolomics on Woody Tissues.

    Chervin, Justine, Ana Romeo-Oliván, Sylvie Fournier, Virginie Puech-Pages, Bernard Dumas, Alban Jacques, and Guillaume Marti. 2022.  Frontiers in Microbiology 13. https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2022.835463.

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    • Cannabinoids vs. Whole Metabolome: Relevance of Cannabinomics in Analyzing Cannabis Varieties

    Vásquez-Ocmín, Pedro G., Guillaume Marti, Maxime Bonhomme, Fabienne Mathis, Sylvie Fournier, Stéphane Bertani, and Alexandre Maciuk. Analytica chimica acta, 1184, 339020. 2021. https://doi.org/10.1101/2021.06.07.447363.

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    • Metabolomic Approach of the Antiprotozoal Activity of Medicinal Piper Species Used in Peruvian Amazon

    Vásquez-Ocmín, Pedro G., Alice Gadea, Sandrine Cojean, Guillaume Marti, Sébastien Pomel, Anne-Cécile Van Baelen, Liliana Ruiz-Vásquez, et al. Journal of Ethnopharmacology 264, 113262. 2021 https://doi.org/10.1016/j.jep.2020.113262.

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    • Lipid Interactions Between Flaviviruses and Mosquito Vectors

    Vial, Thomas, Guillaume Marti, Dorothée Missé, et Julien Pompon.  Frontiers in Physiology 12,  763195. 2021, https://doi.org/10.3389/fphys.2021.763195.

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    • Phenolic profile of a Parma violet unveiled by chemical and fluorescence imaging

    Khatib, C. Pouzet, C. Lafitte, J. Chervin, V. Bonzon-Ponnet, A. Jauneau, M.-T. Esquerré-Tugayé, , AoB PLANTS,  plab041, 2021; https://doi.org/10.1093/aobpla/plab041

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    • MS-CleanR: A Feature-Filtering Workflow for Untargeted LC–MS Based Metabolomics.

    Fraisier-Vannier, O.; Chervin, J.; Cabanac, G.; Puech, V.; Fournier, S.; Durand, V.; Amiel, A.; André, O.; Benamar, O. A.; Dumas, B.; Tsugawa, H.; Marti, G.  Anal. Chem. Analytical chemistry, 92(14), 9971-9981. 2020, https://doi.org/10.1021/acs.analchem.0c01594.

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    • Mosquito Metabolomics Reveal That Dengue Virus Replication Requires Phospholipid Reconfiguration via the Remodeling Cycle.

    Vial, T.; Tan, W.-L.; Deharo, E.; Missé, D.; Marti, G.; Pompon, J. Proc Natl Acad Sci USA 202015095. 2020, https://doi.org/10.1073/pnas.2015095117.

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    • Phytohormone production by the arbuscular mycorrhizal fungus Rhizophagus irregularis.

    Pons, S., Fournier, S., Chervin, C., Becard, G., Rochange, S., Frei-dit-frey, N., and Puech-Pagès, V.  PLoS ONE, 15(10):e0240886. 2020. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0240886.

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    • Lipo-chitooligosaccharides as regulatory signals of fungal growth and development.

    Rush, T.A., Puech-Pagès, V., Bascaules, A., Jargeat, P., Maillet, F., Haouy, A., et al. Nat Commun 11. 2020.  http://dx.doi.org/10.1038/s41467-020-17615-5.

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    • Distinct genetic bases for plant root responses to molecules from distinct microbial origins.

    Bonhomme, M., Bensmihen, S., André, O., Amblard, E., Garcia, M., Maillet, F., Puech-Pagès, V. et al.  Journal of Experimental Botany, Volume 72, Issue 10, 4 May 2021, Pages 3821–3834. 2020. https://doi.org/10.1093/jxb/erab096

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    • The Ectomycorrhizal Fungus Laccaria bicolor Produces Lipochitooligosaccharides and Uses the Common Symbiosis Pathway to Colonize Populus Roots.

    Cope, K.R., Bascaules, A., Irving, T.B., Venkateshwaran, M., Maeda, J., Garcia, K., …, Puech-Pagès, V,… et al.  Plant Cell 31: 2386–2410. 2019. https://doi.org/10.1105/tpc.18.00676.

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    • Short chain chito-oligosaccharides promote arbuscular mycorrhizal colonization in Medicago truncatula.

    Volpe, V., Carotenuto, G., Berzero, C., Cagnina, L., Puech-Pagès, V., and Genre, A. Carbohydr Polym 229: 115505. 2019. https://doi.org/10.1016/j.carbpol.2019.115505

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    • Laccaria bicolor MiSSP8 is a small-secreted protein decisive for the establishment of the ectomycorrhizal symbiosis.

    Pellegrin, C., Daguerre, Y., Ruytinx, J., Guinet, F., Kemppainen, M., Frey, N.F. dit, Puech-Pagès, V., et al.  Environ Microbiol 21: 3765–3779. 2019. https://doi.org/10.1111/1462-2920.14727

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    Équipements

    Mise à disposition et formation des utilisateurs

    Le personnel du plateau peut réaliser des formations adaptées à vos besoins : préparation d’échantillons, utilisation d’un équipement analytique, retraitement de données.

    Équipements du plateau MetaToul-AgromiX mis à disposition :

      • U-HPLC-MS Q-Exactive Plus (Thermoscientific), détection HR-MS, UV et CAD
      • U-HPLC-MS QTrap 5500 (AB Sciex)
      • Matériel de préparation des échantillons

    Modalités d’accès

    Un mode d’accès a été défini par la plateforme MetaToul-Agromix selon le déroulé suivant :

     

    1.Le demandeur prend contact avec la plateforme MetaToul-Agromix  en utilisant le site de demande de projet de MetaboHub (MAMA) :

    https://mama-webapp.metabohub.fr/

    Un numéro de projet unique sera attribué à votre projet pour garantir la traçabilité des échanges.

     

    2. Le responsable du plateau vous contactera pour discuter du projet afin de l’évaluer, l’accepter ou le refuser. Le projet pourra éventuellement être renvoyé vers un autre plateau de la plateforme MetaToul ou une autre plateforme de l’infrastructure MetaboHUB.

     

    3. Lorsque le projet est accepté, un chef de projet est désigné.

    Une « proposition d’étude et de service »  ainsi qu’une «proposition de prix» vous seront adressées. Elle contiennent les conditions et engagements, les modalités de réalisation, les délais et le prix.

     

    4. Après accord entre le demandeur et Agromix, l’Université Toulouse 3 envoie un devis valant contrat au demandeur.

     

    5. Lorsque le bon de commande signé est reçu, le demandeur envoie les échantillons à la plateforme Agromix.

     

    6. La prestation est réalisée. Un compte-rendu de résultats est envoyé au demandeur.

     

    7. L’université Toulouse 3 envoie la facture au demandeur.

    Personnels

    Guillaume Marti (guillaume.marti@univ-tlse3.fr) : Directeur scientifique du plateau Metatoul-Agromix  (Maître de conférences en pharmacognosie, métabolomique)

    Sylvie Fournier (sylvie.fournier1@univ-tlse3.fr) : Responsable technique et opérationnelle du plateau MetaToul-Agromix,  Animatrice Qualité du plateau (ingénieure d’études en spectrométrie de masse)

    Amélie Pérez (amélie.perez@univ-tlse3.fr) : Assitante-Ingénieure en analyse chimique

    Virginie Puech-Pagès  (virginie.puech-pages@univ-tlse3.fr) : Maître de conférences en biochimie, spectrométrie de masse

     

    Recrutés sur projets :

    Axel Dablanc : Ingénieur d’études bioinformatique

    Solweig Hennechart : Doctorante bioinformatique

    N’hésitez pas à venir nous rendre visite, à nous téléphoner ou nous envoyer un e-mail pour nous parler de votre projet !

    Contact

    contact-agromix@groupes.renater.fr

    Tel : +33 5 34 32 38 31

    Email

    lrsv.gestion@univ-tlse3.fr

    Phone

    Standard :   05.34.32.38.01
    Fax           :   05.34.32.38.02

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